En Enero de 1854 renuncia a sus cargos catedralicios para desarrollar libremente su profesión como músico. El motivo es el progresivo aumento del ambiente y nivel musicales que se va produciendo en la ciudad de Málaga.
Su formación le da la posibilidad de actuar como organista en las numerosas iglesias de la ciudad, que organizan muy frecuentemente actos religiosos solemnizados con orquesta. 
Por otro lado, existe una próspera burguesía que hace de la música culta una de sus aficiones principales. Al no existir conservatorio de música alguno en Málaga, la única forma que dicha burguesía tiene para acceder a la práctica musical es a través de las clases particulares.

En Noviembre de 1854 con la edad de 21 años, concursa por oposición a la plaza de segundo organista de la catedral, puesto de mucho prestigio musical, siéndole otorgada dicha plaza. por tanto, Eduardo Ocón vuelve a la catedral.

Ello le permite tener a su disposición los dos magníficos órganos de la Catedral de Málaga construidos por Julián de la Orden.
Por estas fechas ya ha iniciado una fecunda actividad compositiva.

(Todos estos datos han sido extraidos de la publicación: "Eduardo Ocón.  El nacionalismo musical" de Gonzalo Martín Tenllado. Ediciones Seyer.)